云南中医药大学是云南省目前中医药民族医药古籍文献收藏最多、最全的单位,学校图书馆的“滇文轩”和“中医西学博物馆”目前有馆藏中医药民族医药古籍和特色文献1.8万册,其中入选国家古籍普查目录1425种、13171册。古籍涵盖了医经、本草、方书、医史、针灸、养生、医案医话及临床等各科,拥有《性原广嗣》《彻剩八编》《补注洗冤录集证》《滇南草本》等善本、珍本以及珍贵古籍共40余种,以珍藏《滇南本草》有清光绪年间云南务本堂刻本、《滇南草本图注》等多个时期的不同版本的珍贵古籍为特色。在馆藏的文献中,中医药文献占60%,近现代文献中云南24个少数民族医药特色文献占中医药文献的43%,特别以傣族贝叶经、彝族毕摩经等为代表的云南少数民族医药特色文献是云南省图书馆中收藏最全、最多的。